Historie vodáckých oddílu na místě současné loděnice se začala psát v roce 1966, od roku 1990 spadá areál Loděnice Vltava pod Dům dětí a mládeže hl. m. Prahy.

Vzhledem k poloze areálu na Loděnici zanechala velkou škodu povodeň v roce 2002. Následující měsíce se nesly ve znamení stavebních prací na zcela nové budově, kekteré přibylo naše lanové centrum. Tři věže a další dva sloupy se od té doby tyčí z Libeňského ostrova a lákají k lezení. V roce 2010 prošly sloupy celkovou výměnou, díky čemuž zatím poslední povodně v červnu 2013 přečkaly bez úhony. Pevně doufáme, že je to na dlouhou dobu naposledy…